– Licenciado y Doctor en Farmacia (Microbiología) con Premio Extraordinario (1955).
– Doctor (Ph.D.) en Bioquímica por la Universidad de Cambridge, U.K. (1959).
– Miembro de la Fundación Ramsay (Londres).
– Desarrollo de cursos de Biología Molecular en la Universidad de Lovaina (1965).
– varias ediciones de la más prestigiosa obra internacional «The Microbial World» (El Mundo de los Microbios) del Prof. Roger Y. Stanier, traducida a más de 10 idiomas en todo el mundo, habiendo tenido un especial impacto tanto en las Universidades de España como en las de Iberoamérica. El Mundo de los Microbios contribuyó a cambiar la mentalidad de muchos biólogos sobre todo en los aspectos bioquímicos y ecológicos.
– El Profesor J. R. Villanueva ha publicado varios libros con artículos de divulgación científica así como de aspectos relacionados con la Microbiología, el último editado por la Fundación Ramón Areces el titulado «El Desarrollo de la Microbiología en España, 2007».
– Profesor de Investigación del Centro de Investigaciones Biológicas, CSIC. Madrid (1960-67).
– Catedrático de Microbiología y Director del Departamento de Microbiología, Facultad de Biología, Universidad de Salamanca (1967-1998).
– Director del Instituto de Microbiología-Bioquímica, Centro Mixto del CSIC-Universidad de Salamanca.
– Rector de la Universidad de Salamanca (1972-1979).
– Medalla de Oro de la Universidad de Salamanca (1979).
– Presidente de la Sociedad Españla de Bioquímica (1966-69)
– Presidente Federación Europea de Sociedades de Bioquímica (FEBS) (1968-1971).
– Primer Presidente de la Conferencia de Rectores de Universidades Españlas (CRUE) (1978-79).
– Delegado españl en el Consejo Científico de la OCDE (1980-82).
– Presidente del Comité Asesor del Centro Europeo de Educación Superior (CEPES) de la UNESCO en Bucarest (1974-82).
– Doctor Honoris Causa por las Universidades de Oviedo (1978) y León (2005).
– Profesor Honorario de las Universidades de San Marcos de Lima (1978) y de Queretano, Méjico (1979)
– Procurador en las Cortes Españlas entre 1972-75, participando sobre todo en las discusiones de la Ley de Selectividad para el Acceso a la Universidad.
– Premio Nacional de Ciencias del CSIC (1974).
– Premio Castilla y León de Investigación Científica y Técnica (1978).
– Premio de Investigación Rey Jaime I de la Generalitat Valenciana (1990).
– Gran Cruz de la Orden Civil de Alfonso X El Sabio (1982).
– Socio de Honor de la Sociedad Españla de Bioquímica y Biología Molecular (1998).
– Medalla «Jaime Ferrán» máxima distinción de la SEM (2003).
– Académico de Número y Director de la Real Academia de Farmacia (1986-89).
– Académico Correspondiente Nacional de la Real Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (1974).
– Académico de Número de la Real Academia de Medicina de Salamanca (1990).
– Académico de Número de la Real Academia de Doctores (1997).
– Académico Miembro de la Mesa del Instituto de España (2005-2009).
– Académico de Honor de la Real Academia de Farmacia de Iberoamérica (1996).
– Académico de Honor de la Real Academia Sevillana de Ciencias (2005).
– Presidente del Jurado del Premio de Investigación Científica y Técnica, Fundación Príncipe de Asturias (1996-2008).
– Miembro del Alto Consejo Consultivo en I+D +I de la Generalitat Valenciana (1998).
– Medalla de Honor al Fomento de la Invención, Fundación García Cabrerizo (1993).
– Miembro del Consejo Rector del Instituto Nacional de Sanidad Carlos III (1996).
– Miembro del Consejo Superior de Sanidad de la Comunidad de Madrid (2003-2009).
– Vicepresidente del Consejo Científico y Coordinador de las Actividades Científicas, de la Fundación Ramón Areces.
– Miembro del Comité Asesor Internacional del Instituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (1998-2007).
– Presidente del Patronato de la Fundación Jiménez Díaz, Madrid.
– Medalla Carracido modalidad de Oro, Real Academia Nacional de Farmacia (2007).
– Cruz de Honor de la Sanidad Madrileña en la categoría de Oro (2008). Consejo Superior de Sanidad de la Comunidad de Madrid.
– Presidente de Honor de la Real Academia Nacional de Farmacia (2009).
Ha formado parte de numerosas Comisiones Científicas del CSIC y del Ministerio de Educación y de un elevado número de Tribunales y Comisiones de Selección de Profesores de la Universidad.
En el sentido más amplio del término ha contribuido de forma decisiva a la formación de un amplio número de investigadores y docentes de la Universidad Españla y del Consejo Superior de Investigaciones Científicas en las áreas de la Microbiología y Bioquímica dando lugar a una amplia Escuela de Docentes e Investigadores.
La Escuela de Microbiología-Bioquímica, creada en la Universidad de Salamanca, cuenta en la actualidad con 32 Catedráticos de Universidad distribuidos por las Universidades de Salamanca, Oviedo, Extremadura, Valencia, León, Granada, La Laguna, Alcalá de Henares, Santiago y Complutense de Madrid y Georgetown de los Estados Unidos. A esta Escuela pertenecen también numerosos Profesores Titulares e Investigadores del CSIC.
Varios de los discípulos docentes-investigadores han ocupado cargos de responsabilidad en la Universidad españla tales como Rectores, Vicerrectores, Decanos y Directores de Departamentos, algunos de estos investigadores reconocidos por su destacado prestigio científico.
Por último se puede mencionar el elevado número de publicaciones realizadas en Revistas Internacionales del nivel de J. Biol. Chem., Science, Nature, J. Gen. Microbiol., J. Bacteriol., Biochim Biophes Acta, Proc. Natt. Acad. Sci. USA, Appl Environm. Microbial., Eur. J. Biochem, FEBS Lett., Moll. Cell. Biol., Can. J. Microbiol., Gene., etc.