En 1962 ingresó en la Facultad de Medicina (Universidad de Salamanca), finalizando sus estudios, con Premio Extraordinario, en 1968.
Al terminar sus estudios en 1968 ingresa en el Instituto de Biología Celular del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (C.S.I.C.), Madrid, donde realizó su tesis doctoral sobre antibióticos y síntesis de proteínas, gracias a una beca del Plan Nacional de Formación de Personal Investigador (en su primera convocatoria), que finalizó en 1971. Obtuvo entonces un beca de la Fundación Juan March para estudios en el extranjero, y marcha a la Washington University School of Medicine (St.Louis, Mo.) para realizar sus estudios posdoctorales, donde permanecería hasta 1974 como International Postdoctoral Fellow de los National Institutes of Health (N.I.H.). En 1972 obtuvo por oposición una plaza de Colaborador Científico del C.S.I.C., adscrito al Instituto de Biología Celular.
En 1975 inicia su carrera docente en la Universidad de Salamanca, obteniendo la plaza de Profesor Agregado de Fisiología y Bioquímica, siendo asimismo nombrado Jefe del Servicio de Bioquímica del Hospital Clínico de Salamanca. En 1982 obtiene la cátedra de Bioquímica de la Facultad de Medicina de la Universidad de la Laguna, donde permanece hasta 1988, año en el que obtiene la cátedra de Bioquímica de la Facultad de Medicina de la Universidad de Salamanca.
En 1990 fue nombrado Vicerrector de Investigación del equipo del Rector Dr. Julio Fermoso García, cargo que desempeñó hasta 1993. Desde 1997 hasta 2003 desempeñó la dirección del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Salamanca.
Fue elegido en 2003 Rector de la Universidad de Salamanca, cargo que desempeñó hasta 2007.
En 2008 fue elegido como Miembro de Número de la Real Academia de Medicina de Salamanca, accediendo en 2013 a la presidencia de esta misma entidad, puesto que desempeñó hasta 2022. El Dr. Battaner es autor de más de un centenar de artículos científicos (de su especialidad y de divulgación) y de siete libros de su especialidad. Ha dirigido quince Tesis doctorales y treinta tesinas o trabajos de Grado. Ha colaborado regularmente en la Prensa diaria con artículos sobre Educación, Universidad y Relaciones Ciencia-Sociedad.